Да. Документы, подписанные в Nopaper с помощью НЭП, имеют юридическую силу и признаются ФНС и ЦБ.
Исключение составляют только документы, где законом прямо установлено требование КЭП (например, счета-фактуры по ст. 169 НК РФ). Все остальные соглашения, акты и отчётность в ЭДО будут признаны легитимными.